Die Ostsee-Akademie ist das Herzstück des Pommern-Zentrums. Mit ihr wollten die Gründer Diktaturen, Ideologien und Bürokratien eine europäische Heimstatt entgegensetzen, in der Begegnung und Dialog ihre schöpferische Kraft entfalten. Die Ostsee-Akademie als Raum und Rahmen für politische und kulturelle Bildung sollte das wechselseitige Verständnis und die Verständigung der Deutschen mit ihren Nachbarn im Osten und Norden unter ausdrücklicher Einbeziehung der deutschen Heimatvertriebenen fördern und festigen.
Die Öffnung der Grenzen ein Jahr nach Gründung des Pommern-Zentrums und der Demokratisierungsprozess der Länder Ost- und Mittelosteuropas vervielfachten die Möglichkeiten, die Ziele – Einheit der Deutschen, Pflege des kulturellen Erbes der Heimatgebiete, Aussöhnung mit den Nachbarn und Zusammenarbeit im Ostseeraum – mit Leben zu erfüllen.
Seit über 15 Jahren werden hier Kontakte geknüpft zu staatlichen und privaten Institutionen, zu Vertretern von Wissenschaft, Kultur und Politik und zu den nationalen Minderheiten in Deutschlands östlichen und nördlichen Nachbarländern. Gäste kommen aus Polen, Litauen, Lettland, Estland und dem Königsberger Gebiet. Der Wirkungskreis reicht von Ungarn, der Ukraine, der Slowakai und Tschechien über Polen, das Baltikum und die Königsberger und Petersburger Regionen Russlands bis nach Finnland, Schweden, Dänemark und Norwegen.
Die verschiedenen Veranstalter im Hause bieten Seminare, Konferenzen vor Ort – in Pommern, Danzig, Masuren, Königsberg oder auch in Riga – und wissenschaftlich-kulturelle Exkursionen in den Osten und Norden Europas und erproben neue Formen der Nachbarschaft.
In Deutschland findet sich kaum eine zweite Einrichtung, die derart der deutsch-polnischen, deutsch-baltischen, deutsch-russischen und deutsch-ukrainischen Begegnung dient.